肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是由肛腺阻塞感染导致。肛腺开口于肛窦，当粪便干结等原因导致肛窦损伤时，细菌就容易侵入肛腺，引发肛腺炎，炎症蔓延就可能形成肛周脓肿。
肛窦感染引发
肛窦特点： 肛窦呈口袋状，容易积存粪便，一旦粪便中的细菌入侵，就容易引发感染。比如长期便秘的人，粪便干结，更容易擦伤肛窦，从而增加肛窦感染的风险。感染扩散： 肛腺感染后，炎症会沿着肛管直肠周围的间隙蔓延，因为这些间隙疏松，炎症很容易扩散，进而形成肛周脓肿。
肛门周围皮肤感染所致
皮肤损伤因素： 肛门周围皮肤破损，如搔抓、外伤等，细菌就有可乘之机侵入皮肤下组织引发感染。例如有些人喜欢用手搔抓肛门周围，若皮肤有细微破损，就可能让细菌入侵。皮脂腺分泌问题： 肛门周围皮脂腺分泌旺盛，若清洁不及时，皮脂腺分泌物堆积，也容易滋生细菌，引发感染形成肛周脓肿。比如长时间不清洗肛门，皮脂腺分泌物加上细菌就容易导致感染。
身体抵抗力下降引发
免疫力低下人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体抵抗力相对较低，容易受到细菌感染，包括肛门周围的感染，从而增加肛周脓肿的发生几率。据统计，糖尿病患者患肛周脓肿的概率比正常人要高一些。长期熬夜人群： 长期熬夜会使身体的免疫力下降，人体的免疫系统功能受到影响，对细菌的抵御能力减弱，肛门周围就更容易受到细菌侵袭而引发肛周脓肿。