脖子扁桃体位置疼可能是咽喉炎、扁桃体炎、扁桃体肿瘤导致。可通过药物治疗，严重时有其他并发症状的可手术治疗，建议去医院耳鼻喉科做喉镜等检查确诊后治疗。
一、咽喉炎：是咽黏膜、黏膜下及淋巴组织的慢性炎症。会有喉咙异物感、淋巴细胞肿大、喉咙发痒、有痰、干咳且有痰咳不出等现象，也会引起颈部和扁桃体疼痛。治疗上：
1.可使用西瓜霜润喉片等药物；
2.也可服用阿莫西林胶囊、诺氟沙星胶囊等进行消炎、抗炎。
二、扁桃体炎：通常由病毒感染或过多摄入辛辣刺激性食物刺激扁桃体致其损伤而疼痛。治疗方式有：
1.可用甲硝唑含漱液漱口；
2.局部应用开喉剑喷雾剂；
3.配合头孢克肟分散片、罗红霉素胶囊等抗生素类药物治疗。
三、扁桃体肿瘤：长期饮酒、抽烟等可能引发，会出现疼痛、吞咽困难、出血等症状，应及时检查，可手术切除治疗。
总之，当脖子扁桃体位置疼痛时，要及时就医，明确具体病因后采取针对性的治疗措施。