导致睡一觉起来眼睛肿了的原因有很多，包括生理性原因和病理性原因。生理性原因主要有临睡前大量饮水或哭过后睡觉等，这种情况通常休息、冷敷后可好转。而如果休息后无好转，那就可能是由某些疾病引起，需要就医检查诊断，具体如下：
一、眼部疾病：
1.在睡眠期间如果触碰了不干净的物品，或者用被污染的手揉眼睛等，都可能会感染眼睛，进而引发麦粒肿、细菌性结膜炎等眼部疾病。
二、过敏：
过敏会使患者的血管通透性增加，导致眼睛局部血管通透性升高，加上睡眠期间血液循环减慢，就会使大量水分潴留于眼周，从而造成睡一觉起来眼睛肿了，同时可能伴有眼部不适。
三、肾脏疾病：
常见于各种肾脏疾病，比如肾小球肾炎、肾病综合征，或者由糖尿病、高血压继发的肾功能不全等，这些都会消耗血液中的白蛋白。白蛋白减少后，就会导致血液中的水分增多，出现睡一觉起来眼睛肿的情况。
四、心血管疾病：
常见心脏器质性疾病，如心力衰竭会导致全身血液循环异常，引起水钠潴留及静脉淤血，进而造成眼睛水肿。
五、肝脏疾病：
像肝炎、肝硬化等肝脏疾病可能会导致患者出现低蛋白血症，引发血液循环障碍从而造成眼睛等部位的肝源性水肿。
六、内分泌疾病：
甲减患者存在粘多糖代谢障碍并造成淤积，就会导致睡一觉起来眼睛水肿症状的出现。
总之，引起睡一觉起来眼睛肿的原因多样，当出现这种情况且休息后不缓解时，应及时就医，明确具体原因，以便采取针对性的治疗措施。