扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝长期堵塞，导致分泌物引流不畅，其中的钙、镁等无机盐逐渐沉积形成结石。一般来说，扁桃体结石的形成与多种因素相关。
扁桃体隐窝的结构因素
隐窝容易存异物： 扁桃体表面有许多小隐窝，这些隐窝比较深且开口小。当食物残渣、细菌、死细胞等物质进入隐窝后，就容易堆积在里面。比如，有些人在进食后没有完全清洁口腔，食物碎屑就可能残留在扁桃体隐窝中。隐窝分泌物堆积： 扁桃体本身会分泌一些黏液等物质，正常情况下这些分泌物可以通过吞咽等动作排出。但如果因为感染、炎症等原因，分泌物排出受阻，就会在隐窝内越积越多，为结石形成提供了基础。
口腔卫生状况因素
口腔清洁不到位： 长期不注意口腔卫生，比如不按时刷牙、漱口，口腔内细菌滋生会增多。有研究发现，口腔卫生差的人，扁桃体结石的发生率相对更高。据统计，大约有30%口腔卫生不良的人群会出现扁桃体结石问题。细菌感染影响： 当口腔内细菌感染扁桃体时，会引发炎症反应。细菌及其代谢产物会与扁桃体隐窝内的物质混合，促进结石的形成。例如，链球菌等细菌感染扁桃体后，更容易导致结石产生。
身体免疫与代谢因素
免疫力下降影响： 当人体免疫力下降时，扁桃体的防御功能减弱，更容易受到各种因素的影响。比如，感冒、过度疲劳等情况会使免疫力降低，此时扁桃体隐窝内的物质就更容易堆积形成结石。一般来说，免疫力较差的人群，每月出现扁桃体结石相关不适的概率比免疫力正常人群高约20%。代谢异常的关联： 人体代谢异常也可能与扁桃体结石形成有关。如果身体的钙磷代谢出现紊乱，就可能导致扁桃体隐窝内的无机盐更容易沉积。不过这种情况相对较少见，但也是一个可能的因素。