肺部小结节形成的原因有多种。目前认为，大约有1/4的肺部小结节可能与肺部感染有关，比如肺部受到细菌、病毒等病原体侵袭后，可能会形成炎性结节。
一、环境因素影响
空气污染相关： 长期处于空气污染较为严重的环境中，比如长期吸入工业废气、汽车尾气等，其中的有害颗粒等物质可能会刺激肺部，引发炎症反应，进而可能导致肺部小结节的形成。据统计，长期生活在PM2.5浓度较高区域的人群，肺部小结节的发生率相对会有所升高。职业暴露因素： 一些特殊职业人群，像长期接触石棉、铍、镉等有害物质的工人，由于工作中频繁接触这些致癌或致肺损伤的物质，肺部受到损伤后修复过程中可能形成小结节。例如石棉工人，其肺部发生病变形成小结节的风险比普通人群高很多。
二、吸烟因素作用
吸烟量与时间影响： 吸烟是导致肺部小结节的重要危险因素之一。吸烟时间越长、吸烟量越大，肺部受到的损害越严重。研究发现，每天吸烟20支以上，持续吸烟超过20年的人群，肺部小结节的检出率明显高于不吸烟人群。香烟中的尼古丁、焦油等多种有害物质会损伤肺部细胞，引起肺部炎症、细胞异常增生等，从而增加肺部小结节形成的几率。
三、自身疾病相关
肺部基础疾病： 本身患有肺结核、肺炎等肺部基础疾病的患者，在疾病恢复过程中，肺部组织可能会出现纤维增生等情况，进而形成肺部小结节。比如肺结核患者，病灶愈合后可能会遗留纤维结节样病灶。另外，患有肺部弥漫性间质病的患者，也容易出现肺部小结节样改变。其他系统疾病影响： 一些自身免疫性疾病也可能与肺部小结节的形成有关。例如类风湿关节炎患者，可能会出现肺部间质病变，表现为肺部小结节等改变。这是因为自身免疫反应累及肺部，导致肺部组织发生异常改变。