要确定是否是克罗恩病，通常需要综合多方面的信息来判断。一般来说，医生会从临床表现、影像学检查、内镜检查以及病理活检等多方面来综合判定。比如，克罗恩病患者可能会出现腹痛、腹泻、体重下降等症状，而且这些症状可能会反复发作。
临床表现方面
消化道症状表现： 患者常常会有腹痛，多位于右下腹或脐周，一般为间歇性发作。还可能出现腹泻，粪便多为糊状，一般无脓血和黏液。另外，部分患者会有腹部包块，这是由于肠粘连、肠壁增厚、肠系膜淋巴结肿大等引起的。全身表现： 患者可能有发热，多为间歇性低热或中等度热，少数呈弛张热伴毒血症。还有些患者会出现营养不良，表现为消瘦、贫血、低蛋白血症等。
影像学检查方面
钡剂灌肠检查： 可见病变肠段呈激惹征，黏膜皱襞粗乱、纵行溃疡或裂沟、鹅卵石征、假息肉、肠腔狭窄、肠管缩短变形等。例如，在钡剂灌肠时能发现肠道的这些特征性改变，但相对内镜检查来说，有些细节显示不如内镜清晰。腹部CT或MRI检查： 可以观察肠壁增厚、腹腔脓肿、肠粘连等情况。比如能看到肠壁分层呈“靶征”或“双晕征”，有助于了解肠道的病变范围和严重程度。
内镜检查方面
结肠镜检查： 是诊断克罗恩病的重要手段之一。可见病变呈节段性、非对称性分布，病变处黏膜呈铺路石样改变，有纵行溃疡，溃疡周围黏膜正常或增生呈鹅卵石样，肠腔狭窄，炎性息肉等。而且病变之间的黏膜外观正常。小肠镜检查： 对于小肠克罗恩病的诊断有重要价值。可以直接观察到小肠黏膜的病变情况，有助于发现小肠部位的早期病变。
病理活检方面
黏膜活检： 病理检查可见黏膜固有层淋巴细胞浸润、裂隙状溃疡、非干酪性肉芽肿等。非干酪性肉芽肿是克罗恩病的典型病理表现之一，但并不是所有患者都能找到，所以还需要结合其他检查综合判断。如果在活检中发现这些特征性的病理改变，对于克罗恩病的诊断有重要意义。