慢性肠炎的用药需根据具体病情来定，常用的药物有抗生素类、止泻类、调节肠道菌群类等。比如细菌感染引起的慢性肠炎可能会用到抗生素，而腹泻严重时可能会用止泻药。
抗生素类药物
细菌感染导致的慢性肠炎：如果是细菌感染引发的慢性肠炎，常用的有诺氟沙星，它对肠道常见的革兰阴性菌有较好的抗菌作用。不过诺氟沙星一般不建议18岁以下的人群使用，因为可能会影响软骨发育。大肠杆菌感染相关：对于大肠杆菌引起的慢性肠炎，还可能会用到氧氟沙星等药物，但同样要注意其使用的年龄限制等问题。
止泻类药物
蒙脱石散：这是一种常用的止泻药，它可以吸附肠道内的病菌和毒素，起到保护肠道黏膜、止泻的作用。成人和儿童都可以使用，一般每次服用3克左右，用温水冲服。药用炭：能吸附肠道内的气体、细菌和毒素等，从而达到止泻的效果，可用于缓解慢性肠炎引起的轻度腹泻，但如果腹泻严重，单纯用药用炭可能效果不佳。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌三联活菌胶囊：里面含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和肠球菌等有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，对于慢性肠炎导致的肠道菌群失调有较好的调节作用。一般建议用温水送服，而且温度不宜过高，以免杀死活菌。枯草杆菌二联活菌颗粒：含有枯草杆菌和肠球菌等，可补充肠道有益菌，抑制有害菌的生长，有助于维持肠道正常的生理功能，儿童也可以使用，具体用量需根据儿童年龄和体重来调整。
中药类药物
肠炎宁片：这是一种中成药，由地锦草、黄毛耳草、樟树根等多种中药组成，具有清热利湿、行气的作用，可用于治疗急慢性胃肠炎、腹泻等。一般成人一次服用3 - 4片，一天3 - 4次，但孕妇禁用。补脾益肠丸：由黄芪、党参、砂仁等多种中药组成，具有健脾和胃、涩肠止泻等功效，对于脾虚泄泻型的慢性肠炎有一定的治疗作用，服用方法一般是一次6克，一天3次，但感冒发热病人不宜服用。