慢性肠炎的药物治疗需根据具体病情来选择，一般常用的药物有以下几类。首先，对于有肠道细菌感染的慢性肠炎患者，可能会用到抗生素，比如诺氟沙星等，不过这类药物使用需要谨慎，一般建议在医生明确有细菌感染指征时才考虑使用。
抗炎类药物
氨基水杨酸制剂： 像柳氮磺吡啶，它可以作用于肠道局部，抑制炎症反应。适用于轻至中度的慢性肠炎患者，尤其是溃疡性结肠炎相关的慢性肠炎。糖皮质激素： 当病情比较严重时，会用到糖皮质激素，如泼尼松。它能快速减轻肠道炎症，但长期使用可能会有一些副作用，需要在医生密切监测下使用。
调节肠道菌群药物
双歧杆菌制剂： 常见的有双歧杆菌四联活菌片等。这类药物可以调节肠道内的菌群平衡，抑制有害菌的生长，有助于改善慢性肠炎引起的肠道功能紊乱。一般没有明显的禁忌，但如果是严重免疫缺陷的患者使用需要谨慎评估。乳酸菌素片： 它能在肠道形成保护层，阻止病原菌、病毒的侵袭，还能促进有益菌的生长，帮助消化。适合大多数慢性肠炎患者辅助治疗，儿童也可以在医生指导下使用。
止泻药物
蒙脱石散： 它可以吸附肠道内的毒素和病原体，起到止泻的作用。成人和儿童都可以使用，一般腹泻时服用，不过如果是感染性腹泻，不能单纯只用止泻药，还需要配合抗感染等治疗。药用炭片： 能吸附肠道内的气体和部分有害物质，减少肠道蠕动，从而达到止泻的效果。但如果是肠道出血的患者要慎用，防止影响对病情的观察。慢性肠炎患者用药一定要在医生的指导下进行，因为不同的病情需要不同的药物组合，而且要注意药物的不良反应和相互作用等情况。同时，除了药物治疗，患者自身的饮食调整等非药物干预也很重要，比如要避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，规律饮食等，这样才能更好地促进病情的恢复。