慢性肠炎可以使用的药物需根据具体病情来选择，常用的有益生菌类、抗生素类等。一般来说，对于肠道菌群失调引起的慢性肠炎，益生菌可能有较好效果；而细菌感染导致的慢性肠炎，可能需要抗生素。比如双歧杆菌四联活菌片，它能调节肠道菌群，一般可用于肠道菌群失调引起的慢性肠炎。
益生菌类药物
调节肠道菌群： 像双歧杆菌三联活菌胶囊，它可以补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，对因肠道菌群紊乱引发的慢性肠炎有一定调节作用。通常适用于肠道功能较差的人群。改善肠道环境： 枯草杆菌二联活菌颗粒，能通过补充有益菌，改善肠道微生态环境，帮助缓解慢性肠炎引起的腹泻、腹胀等症状，儿童也可在医生指导下使用。
抗生素类药物
针对细菌感染： 如果慢性肠炎是由细菌感染导致，如大肠杆菌引起的，可能会用到诺氟沙星。它属于喹诺酮类抗生素，能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥抗菌作用。但需要注意，18岁以下人群禁止使用诺氟沙星，因为可能会影响骨骼发育。针对特定细菌： 对于沙门氏菌感染引起的慢性肠炎，可能会用到左氧氟沙星，它同样是通过抑制细菌DNA合成来起到杀菌作用，但也有类似诺氟沙星的年龄禁忌，18岁以下不宜使用。
止泻收敛类药物
缓解腹泻症状： 蒙脱石散是常用的止泻药，它可以在肠道内形成一层保护膜，吸附肠道内的病菌和毒素，起到止泻作用。比如成人急性腹泻时可以服用，慢性肠炎腹泻明显时也可短期使用。不过，服用时要注意适量饮水，避免便秘。保护肠道黏膜： 硫糖铝混悬凝胶也有保护肠道黏膜的作用，它能在肠道黏膜表面形成保护膜，减少炎症对肠道黏膜的刺激，有助于慢性肠炎黏膜的修复，可用于伴有肠道黏膜损伤的慢性肠炎患者。