慢性肠炎可以使用的药物需根据具体病情来定，一般常用的有益生菌类、抗生素类等。比如益生菌类中的双歧杆菌四联活菌片，能调节肠道菌群，一般可长期服用来改善肠道环境，但具体效果因个体而异。
益生菌类药物
调节肠道菌群：双歧杆菌四联活菌片可以补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，对慢性肠炎引起的肠道菌群失调有一定调节作用。它适用于因肠道菌群紊乱导致的腹泻、腹胀等症状的慢性肠炎患者。不过，3岁以下幼儿服用时需在医生指导下将药片碾碎后服用。嗜酸乳杆菌：嗜酸乳杆菌能在肠道内定植，产生乳酸等酸性物质，抑制病原菌生长，有助于维持肠道正常的消化和吸收功能。一般来说，它可以长期服用来辅助慢性肠炎的治疗，但过敏体质者要慎用。
抗生素类药物
针对细菌感染：如果慢性肠炎是由细菌感染引起，可能会用到诺氟沙星。它对肠道常见的大肠杆菌等有抗菌作用。但需要注意的是，18岁以下青少年禁止使用诺氟沙星，因为可能会影响骨骼发育。还有氧氟沙星，也可用于肠道细菌感染导致的慢性肠炎，但同样不建议18岁以下人群使用。
止泻药物
缓解腹泻症状：蒙脱石散是常用的止泻药，它可以在肠道内形成一层保护膜，吸附肠道内的毒素和病菌，起到止泻作用。成人每次服用1袋（3克），用50毫升温水溶解后服用，可根据腹泻情况调整服用次数，但过量服用可能会引起便秘。药用炭片也有止泻效果，它能吸附肠道内的气体和毒素，减轻腹泻症状。不过，长期服用药用炭片可能会影响维生素等营养物质的吸收，所以不宜长期大量服用。