胃十二指肠溃疡最重要的临床表现之一是慢性、周期性、节律性的上腹部疼痛。一般来说，疼痛具有一定的规律性，比如十二指肠溃疡多表现为空腹痛，常常在空腹时（如饥饿时）疼痛，进食后缓解，疼痛时间可能持续数周或数月后缓解，间隔一段时间又复发；而胃溃疡的疼痛多在进食后不久出现，大约1 - 2小时后缓解，然后下次进餐后再重复发作。
疼痛的节律特点
十二指肠溃疡的疼痛节律：典型的十二指肠溃疡疼痛常在餐后2 - 4小时出现，也就是空腹时疼痛，还可能在夜间痛醒，进食后疼痛缓解。这种疼痛节律是因为空腹时胃酸直接进入十二指肠，刺激溃疡面引起疼痛，进食后胃酸被食物中和，疼痛缓解。例如，很多十二指肠溃疡患者会在凌晨1 - 3点因腹痛醒来，进食少量食物后疼痛能得到一定程度的缓解。胃溃疡的疼痛节律：胃溃疡的疼痛多在进食后1小时内发生，疼痛持续1 - 2小时后逐渐缓解，下次进餐后又重复出现疼痛。这是由于进食后胃开始收缩蠕动，刺激溃疡部位导致疼痛，食物消化一段时间后，胃的收缩刺激减轻，疼痛缓解。
疼痛的性质与程度
疼痛的性质多样，可为钝痛、胀痛、灼痛、隐痛等。程度一般较轻到中度，多数患者可以忍受。但也有部分患者疼痛较为剧烈，甚至会影响日常生活和睡眠。比如有的患者溃疡疼痛较为剧烈时，会坐立不安，需要通过休息、服用药物等方式来缓解疼痛。
伴随症状
部分患者可能伴有反酸、嗳气、恶心、呕吐等症状。反酸是因为胃酸分泌过多，反流至食管引起烧心样感觉；嗳气是胃内气体反流至口腔发出的声响；恶心、呕吐可能是溃疡导致胃的蠕动功能紊乱，食物排空延迟引起的。例如，一些胃十二指肠溃疡患者会经常感觉嘴里有酸水，时不时打饱嗝，还可能在疼痛发作时伴有恶心，严重时会呕吐出胃内容物。