新生儿贫血的原因有多种。新生儿贫血通常指出生后外周血中单位容积内的红细胞数、血红蛋白量或红细胞比容低于正常。其中，产前因素导致的贫血较为常见，比如母体因素，若孕妇患有缺铁性贫血等，可能通过胎盘传输影响胎儿，使得胎儿在宫内就处于贫血状态；还有胎儿-母体输血，这种情况可能导致胎儿失血，从而引发贫血，大约有1% - 2%的新生儿会出现这种胎儿-母体输血的情况。
产后失血导致的贫血
胎盘因素： 胎盘剥离不全、胎盘残留等胎盘异常情况可能导致产后出血，从而引起新生儿贫血。比如胎盘部分粘连在子宫壁上，导致胎盘剥离不全，就会有较多的血液流失，进而影响新生儿的血红蛋白水平。脐带因素： 脐带脱垂、脐带结扎过早等脐带问题也会造成新生儿失血。例如脐带脱垂时，脐带受到压迫，血液循环受阻，可能导致胎儿失血，引发贫血。
红细胞破坏增多引起的贫血
免疫性溶血： 母婴血型不合是常见的免疫性溶血原因，像ABO血型不合或者Rh血型不合。如果母亲是O型血，胎儿是A型或B型血，就可能发生ABO血型不合溶血，这种情况在新生儿中并不少见，大约占新生儿溶血的一定比例。感染因素： 新生儿感染某些病原体，如细菌、病毒等，也可能导致红细胞破坏增多。例如新生儿感染大肠杆菌等细菌后，可能引发溶血性贫血，因为病原体产生的一些物质会破坏新生儿的红细胞。
红细胞生成不足导致的贫血
造血物质缺乏： 铁、维生素B12、叶酸等造血物质缺乏会影响红细胞生成。如果孕期母亲没有补充足够的铁，新生儿体内铁储备不足，出生后就容易发生缺铁性贫血。一般来说，足月儿体内的铁储备可供生后4 - 5个月造血所用，早产儿铁储备更少，更容易出现缺铁情况。骨髓功能异常： 某些先天性疾病可能导致新生儿骨髓功能异常，影响红细胞生成。比如先天性再生障碍性贫血，这种疾病会使骨髓造血干细胞增殖和分化障碍，进而导致红细胞生成减少，引发贫血。