小肚子经常隐隐作痛可能由多种原因引起，以下是一些可能的情况：
1.慢性盆腔炎：女性生殖系统有自然的防御功能，在正常情况下，能抵御细菌的入侵，只有当机体的抵抗力下降，或由于其他原因使女性的自然防御功能遭到破坏时，才会导致盆腔炎的发生。患者常有下腹部坠胀、疼痛及腰骶部酸痛，常在劳累、性交后及月经前后加剧。
2.排卵性腹痛：这种腹痛多发生在两次月经周期的中间，如月经周期为28天，腹痛一般发生在下次月经前14天左右，即相当于排卵期。多数患者在排卵时会有单侧下腹部疼痛，这是由于卵泡破裂所致。
3.痛经：分原发性与继发性痛经两种。原发性痛经常见于青春期少女，原因不清楚。随着年龄增长或结婚与生育后，一般可以自愈。继发性痛经常见原因为子宫内膜异位症及子宫腺肌症。子宫内膜异位症常见症状为继发性逐渐加重的痛经。
4.子宫内膜异位症：这是导致女性小肚子隐痛的常见原因之一，有痛经、性交痛、慢性腹痛等症状，疼痛通常位于下腹部及腰骶部，可在月经前1～2天开始，经期第一天最为剧烈，月经干净后疼痛会逐渐缓解乃至消失。
5.其他：如子宫肌瘤、卵巢肿瘤等妇科疾病，也可能引起小肚子隐痛。此外，膀胱炎、急性肠炎、异位妊娠等也可能导致类似症状。
总之，小肚子经常隐隐作痛可能是一种正常的生理现象，但也可能是某些疾病的表现。如果疼痛持续时间较长、程度较重，或伴有其他症状，如发热、阴道出血、白带异常等，应及时就医，以便明确诊断并进行治疗。