慢性肠炎的治疗药物需根据具体病情选择，一般来说，常用的药物有益生菌类、抗生素类等。例如，益生菌类药物如双歧杆菌三联活菌胶囊等，能调节肠道菌群，一般可以长期服用来改善肠道环境，但具体效果因个体差异而异。
益生菌类药物
调节肠道菌群： 像双歧杆菌四联活菌片，它可以补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，帮助恢复肠道正常菌群平衡，适用于因肠道菌群失调引起的慢性肠炎。一般没有明显的年龄限制，但儿童服用时需在医生指导下调整剂量。嗜酸乳杆菌： 能产生乳酸，降低肠道pH值，抑制有害菌繁殖，对慢性肠炎有一定的辅助治疗作用，成人和儿童均可使用，但儿童使用需遵循儿科用药规范。
抗生素类药物
针对细菌感染： 若慢性肠炎是由细菌感染引起，可能会用到左氧氟沙星片，但该药物18岁以下未成年人禁用。它通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥抗菌作用，能有效杀灭引起肠炎的细菌，但使用时需严格掌握适应证，避免滥用。黄连素片： 对肠道细菌有抑制作用，尤其对痢疾杆菌作用较强，可用于肠道感染引起的慢性肠炎，副作用相对较小，成人和儿童均可服用，但儿童服用需按体重调整剂量。
止泻类药物
蒙脱石散： 能在肠道内形成保护膜，吸附病原体和毒素，起到止泻作用，适用于慢性肠炎引起的腹泻症状。成人和儿童都能使用，儿童服用时用适量温水冲服即可，但过量服用可能会引起便秘。药用炭片： 可以吸附肠道内的气体和毒素，减少肠道刺激，缓解腹泻，对慢性肠炎导致的腹泻有一定缓解作用，成人服用时需注意按照说明书剂量，儿童服用需在医生指导下进行。