肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，大约50%以上的肛瘘患者有过肛管直肠周围脓肿病史。比如肛周脓肿自行破溃或切开引流后，脓腔逐渐缩小，但肠内容物仍可不断进入脓腔，引流不畅，创口就会反复发炎、愈合，进而形成肛瘘。
肛门腺感染是重要诱因
肛门腺特点： 肛门腺开口于肛管直肠交界处的肛窦内，肛窦易受损伤及细菌的侵入，从而引起肛腺感染。肛腺一旦感染，就会蔓延，形成肛管直肠周围脓肿。据统计，约80%的肛瘘是由肛门腺感染引发的。感染扩散： 肛腺感染后，炎症会沿着腺管向周围组织蔓延，先是形成肛周脓肿，若脓肿没有得到及时有效的处理，脓肿破溃或切开引流后，就容易形成肛瘘。
直肠肛门损伤也会导致肛瘘
外伤因素： 比如吞咽骨头、金属，肛门体温计，肛门镜检查等，可能会造成肛管直肠损伤，细菌就会由此进入伤口引发感染，进而导致肛瘘。有资料显示，因外伤引起的肛瘘约占肛瘘患者的10%左右。肠道异物： 肠道内的异物如果长时间存留，会刺激肛管直肠，导致局部感染，最终引发肛瘘。比如长期存在的粪石等异物，就可能引发这种情况。
特异性炎症引发肛瘘
结核性肛瘘： 结核杆菌感染会引起肛管直肠周围脓肿，进而形成肛瘘。结核性肛瘘一般病程较长，且瘘管不易愈合。在结核高发地区，结核性肛瘘的发生率相对较高。克罗恩病： 克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位，当累及肛管直肠时，也容易并发肛瘘。据研究，克罗恩病患者中约有20% - 30%会出现肛瘘并发症。溃疡性结肠炎： 溃疡性结肠炎是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，病情严重时，炎症也可能波及肛管，导致肛瘘的发生。但相对来说，其引发肛瘘的概率较肛门腺感染等情况低一些。