胎儿停育的原因有多种，其中染色体异常是常见原因之一，约占50%~60%的早期胚胎停育与胚胎染色体异常有关，比如夫妻一方或双方染色体存在数目或结构异常，就可能遗传给胎儿导致停育。
母体因素影响
内分泌异常： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全，会使孕激素分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，约占10%~20%的胚胎停育与此相关。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会干扰胚胎的正常发育进程。子宫异常： 子宫的形态和结构异常会阻碍胚胎着床和发育。像子宫畸形，如单角子宫、双角子宫等，子宫腔空间受限，不利于胚胎生长；子宫内膜息肉会影响胚胎着床，宫腔粘连也会对胚胎种植造成障碍。据统计，因子宫异常导致的胎儿停育约占10%左右。
免疫因素作祟
自身免疫异常： 母体自身产生的一些自身抗体可能攻击胚胎组织。比如抗磷脂抗体综合征，体内存在抗磷脂抗体，会引起胎盘血管血栓形成，影响胎盘血供，导致胎儿缺氧、发育停止。这类情况在复发性流产（包括胎儿停育）中占一定比例。同种免疫异常： 母体对胎儿免疫耐受异常，母体免疫系统将胎儿视为“外来物”进行攻击，也会引发胎儿停育。例如自然杀伤细胞活性过高等情况，会影响胚胎的正常发育。
环境因素干扰
化学物质接触： 孕妇接触过多的有害化学物质可能导致胎儿停育。比如长期接触铅、汞、苯等重金属或有机溶剂，这些物质会通过胎盘影响胎儿的正常发育，增加胎儿停育的风险。辐射暴露： 孕妇接受过量的放射性辐射，如在放射科工作未做好防护，或者接受过腹部X线检查等，辐射会损伤胎儿的染色体，破坏胚胎的正常生长环境，引发胎儿停育。