男性生殖器疱疹主要通过抗病毒药物来治疗，常用的如阿昔洛韦，一般早期规范用药能控制病情。
抗病毒药物治疗
阿昔洛韦： 属于核苷类抗病毒药物，能干扰病毒DNA合成，从而抑制疱疹病毒复制。可口服给药，对初发的生殖器疱疹有一定疗效。伐昔洛韦： 是阿昔洛韦的前体药物，口服后在体内转化为阿昔洛韦发挥作用，生物利用度比阿昔洛韦高，服用相对方便，能有效减轻生殖器疱疹的症状和缩短病程。
局部护理很重要
保持清洁干燥： 要注意保持生殖器部位的清洁卫生，每天用清水轻轻清洗患处，但要避免过度擦洗。可以每天清洗1 - 2次，保持局部干燥，这样有助于减少细菌感染的机会，也利于病情恢复。避免搔抓： 患病部位可能会有瘙痒等不适，但一定要避免用手搔抓，因为搔抓可能会导致疱疹破损，引起继发感染，还可能使病情加重或导致疱疹扩散。
生活方式调整
注意休息： 患病期间要保证充足的休息，一般每天需要保证7 - 8小时的睡眠时间，让身体有足够的能量来对抗病毒，促进身体恢复。避免性生活： 在生殖器疱疹发作期要避免性生活，因为此时病毒具有传染性，防止将病毒传染给性伴侣。即使在病情缓解期，也建议使用安全套等防护措施，降低传染风险，一般建议至少在发作期完全治愈后再考虑恢复无保护性生活。