早上起床脸肿眼睛肿可能由以下原因导致：
一、急性肾炎。患者若患急性肾炎，通常会有局部疼痛、胀热等不良表现，部分患者还会出现脸肿眼睛肿，尤其在早上起床时更为显著。这是因为急性肾炎会影响肾脏的正常功能，导致水钠潴留，从而引起脸部和眼部的水肿。
二、结膜炎。当细菌进入眼部可使患者患上结膜炎。眼睛结膜中的小血管发炎时会变粗变红，肉眼下很明显，严重时还可能致使患者早上起床脸肿眼睛肿。此时可在医生指导下使用妥布霉素滴眼液、氧氟沙星滴眼液等药物进行治疗。
三、缺铁性贫血。早上起床脸肿眼睛肿也有可能是缺铁性贫血引起的。如果患者有缺铁性贫血，会造成局部血液循环不畅，进而出现这些不良症状。可及时在医生指导下使用硫酸亚铁、右旋糖酐铁等药物进行改善。
总结提示：早上起床脸肿眼睛肿的原因多样，当出现这种情况时要及时就医，明确具体原因，并根据病因进行针对性的治疗。