早上醒来眼睛肿疼，可能是以下原因引起：
1.麦粒肿：
麦粒肿是一种眼睑腺体的急性化脓性炎症，可由细菌感染引起。通常表现为眼皮红肿、疼痛，有时还会伴有发热等症状。麦粒肿可以发生在任何年龄段，但儿童和年轻人更为常见。如果是麦粒肿引起的眼睛肿疼，可以在医生的指导下使用抗生素眼膏，如红霉素眼膏、金霉素眼膏等。如果脓肿形成，需要切开排脓。
2.睑腺炎：
睑腺炎是一种眼睑腺体的慢性炎症，与麦粒肿不同，睑腺炎的病程较长，通常不会自行破溃。睑腺炎可以是细菌感染引起，也可以是无菌性炎症。患者通常会感到眼睛肿胀、疼痛，有时还会出现硬结。治疗睑腺炎需要使用抗生素眼膏或眼液，如妥布霉素眼膏、左氧氟沙星眼液等。如果病情严重，可能需要口服抗生素。
3.过敏：
过敏也可能导致眼睛肿疼。如果对某种物质过敏，如花粉、灰尘、动物毛发等，可能会引起过敏反应，导致眼睛肿胀、瘙痒、疼痛等症状。治疗过敏需要避免接触过敏原，并使用抗过敏药物，如氯雷他定、扑尔敏等。
4.眼部感染：
眼部感染也可能导致眼睛肿疼，如结膜炎、角膜炎等。这些感染通常由细菌、病毒或其他微生物引起，患者会感到眼睛疼痛、红肿、流泪、分泌物增多等症状。治疗眼部感染需要使用抗生素或抗病毒药物，如左氧氟沙星眼液、阿昔洛韦眼液等。如果病情严重，可能需要口服药物。
5.其他原因：
除了上述原因外，眼睛肿疼还可能与其他因素有关，如睡前饮水过多、睡眠姿势不当、眼部外伤等。如果眼睛肿疼持续时间较长或伴有其他症状，如视力下降、头痛等，建议及时就医，以便明确诊断并进行相应的治疗。