三个月婴儿发烧，可采取以下方式处理：
1.观察体温：使用体温计测量婴儿的体温，确定发烧的程度。如果体温在38.5℃以下，可先尝试物理降温方法；如果体温超过38.5℃，或婴儿出现精神萎靡、哭闹不止等异常情况，应及时就医。
2.物理降温：用温水擦拭婴儿的额头、颈部、腋窝、腹股沟等部位，或使用退热贴，帮助降低体温。但要注意，不要给婴儿包裹过多衣物，以免影响散热。
3.补充水分：发烧会导致婴儿体内水分流失，要及时给婴儿补充水分，可适量喂水或母乳。
4.保持室内通风：保持室内空气流通，但要避免冷风直吹婴儿。
5.就医：如果婴儿发烧持续不退，或出现其他异常症状，应及时就医。医生会根据具体情况进行诊断，并给予相应的治疗。
需要注意的是，不同原因引起的发烧处理方法可能不同。在处理婴儿发烧时，应密切观察婴儿的情况，如有异常应及时就医。同时，不要自行给婴儿使用退烧药，以免掩盖病情或引起不良反应。如果对婴儿的病情有任何疑问，应及时咨询医生。