急性胃肠炎通常可以使用调节肠道菌群、止痛、止泻等药物来缓解症状，一般经过规范用药，多数患者能在数天内好转。
调节肠道菌群类药物
枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理活菌，抑制致病菌，调整肠道菌群，改善肠道消化功能。适用于因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、肠炎等。双歧杆菌三联活菌胶囊： 主要成分是长型双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和粪肠球菌，能在肠道内生长繁殖，起到调节肠道菌群的作用，对急性胃肠炎导致的肠道菌群紊乱有一定的调节效果。
止痛类药物
颠茄片： 能解除胃肠道平滑肌痉挛，缓解胃肠绞痛。对于急性胃肠炎引起的腹痛有一定的缓解作用，但青光眼患者禁用。山莨菪碱片： 也可解除平滑肌痉挛，用于胃肠道绞痛。不过，脑出血急性期及青光眼患者要禁用。
止泻类药物
蒙脱石散： 对消化道内的病毒、细菌及其产生的毒素有固定、抑制作用，同时对消化道黏膜有覆盖保护能力，可吸附肠道内的病原体和毒素，起到止泻的作用。成人及儿童均可使用，但过量服用可能引起便秘。黄连素片： 具有一定的抑菌作用，对于肠道感染引起的急性胃肠炎导致的腹泻有一定疗效。但葡萄糖 - 6 - 磷酸脱氢酶缺乏的儿童要禁用。
抗感染类药物
如果是细菌感染引起的急性胃肠炎，可能会用到抗生素。比如诺氟沙星胶囊，它属于喹诺酮类抗生素，对肠道常见的革兰阴性菌有较好的抗菌作用，但18岁以下的未成年人禁用，因为可能会影响骨骼发育。不过，是否使用抗生素需要医生根据具体病情判断，不是所有急性胃肠炎都需要使用。