大便时肛门疼可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起，典型症状为肛门疼痛、便血和便秘。肛门视诊可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，皮下有紫红色结节，伴有剧痛，排便、坐下、行走甚至咳嗽时均可加重，多由肛缘皮肤损伤或感染引起。
3.肛管或直肠下段的炎症：如肛窦炎、直肠炎等，也可引起肛门疼痛。
4.肛门、直肠周围脓肿：多由肛腺感染经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成，常位于肛门周围皮下部，也可位于直肠下部或肛管。脓肿形成时，患者感肛门疼痛、肿胀，伴有发热、乏力等全身症状。
5.其他：如肛管直肠癌、肛门外伤等，也可引起肛门疼痛。
如果经常出现大便时肛门疼的症状，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。同时，应注意保持肛门清洁，避免食用辛辣刺激性食物，预防便秘。