大便时肛门疼的原因有很多，以下是一些常见的原因：
1.肛裂：（1）肛管皮肤全层纵裂后形成的小溃疡。（2）典型表现为肛门疼痛、便秘和出血。（3）病因尚不清楚，可能与肛管狭窄、外伤、感染等因素有关。
2.痔疮：（1）内痔或混合痔脱出、嵌顿，出现水肿、感染、坏死时，均可出现肛门疼痛。（2）病因尚不完全明确，可能与肛垫下移、静脉曲张等因素有关。
3.肛管或直肠炎：（1）肛管或直肠的炎症性病变，可引起肛门疼痛。（2）病因可能与感染、免疫因素、局部刺激等有关。
4.肛周脓肿：（1）肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿。（2）肛门周围疼痛是主要症状，还可能伴有发热、寒战等全身症状。（3）病因主要是肛腺感染，也可继发于外伤、肛裂等。
5.其他：（1）肛门周围皮肤感染、损伤、肿瘤等也可引起肛门疼痛。（2）女性患者还应考虑盆腔炎等妇科疾病。
如果出现大便时肛门疼的症状，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。