脑积水通常是由多种原因引起的，比如先天性因素，在胎儿发育过程中，约有2%的胎儿可能出现脑脊液循环通路先天畸形，导致脑积水；还有颅内感染也是常见原因，像化脓性脑膜炎发病后1周内，约30% - 60%的患儿可能出现脑积水，因为炎症会引起脑脊液吸收障碍等。
先天性因素导致
先天发育异常：胎儿在母体内发育时，脑室系统发育障碍是常见情况，比如中脑导水管狭窄，这会使脑脊液循环受阻，进而引发脑积水，这种情况在新生儿中的发生率约为0.5‰ - 1‰。遗传因素影响：某些遗传综合征也可能导致脑积水，比如Dandy - Walker综合征，这是一种常染色体隐性遗传疾病，会出现小脑发育不全、第四脑室囊性扩张等，常伴有脑积水。
后天性因素导致
颅内出血引发：新生儿产伤导致的颅内出血，或者外伤引起的颅内出血，如果血液没有及时吸收，就会阻塞脑脊液循环通路，从而引起脑积水。比如重型颅脑外伤患者中，约有15% - 20%会并发脑积水。颅内感染造成：除了化脓性脑膜炎，结核性脑膜炎也可能引发脑积水，结核杆菌感染脑膜后，会导致蛛网膜颗粒粘连，影响脑脊液的吸收，一般在结核性脑膜炎发病后3 - 6个月可能出现脑积水。颅内肿瘤所致：颅内肿瘤会占据颅内空间，阻碍脑脊液的正常流动，比如颅后窝肿瘤容易堵塞脑脊液通路，从而引发脑积水，在儿童颅内肿瘤患者中，约有25% - 40%会伴有脑积水。