引起呆小症的主要原因是胎儿或婴幼儿时期甲状腺激素分泌不足。甲状腺激素对生长发育尤其脑发育至关重要，若缺乏会影响神经系统发育和骨骼生长等。
母体因素导致
孕期碘摄入不足：孕妇孕期饮食中碘摄入不够，会使母体甲状腺合成甲状腺激素减少，进而影响胎儿甲状腺激素获取。比如孕妇长期食用缺碘地区的食物，就容易出现这种情况。孕期疾病影响：孕妇在孕期患某些疾病，像自身免疫性甲状腺疾病等，会干扰甲状腺激素的正常合成与分泌，从而影响胎儿甲状腺功能，导致胎儿甲状腺激素不足引发呆小症。
胎儿自身因素
甲状腺发育异常：胎儿自身甲状腺发育出现问题，比如甲状腺缺如或者发育不全，就无法正常合成足够的甲状腺激素，这是导致呆小症的重要自身因素之一。遗传代谢缺陷：胎儿存在遗传代谢方面的缺陷，影响甲状腺激素的合成过程，使得甲状腺激素不能正常产生，进而影响胎儿的生长发育，尤其是神经系统和骨骼系统的发育。
新生儿期因素
新生儿甲状腺功能低下：新生儿出生后自身甲状腺功能出现低下情况，不能有效地分泌足够的甲状腺激素来满足身体生长发育的需求。例如一些先天性甲状腺功能减退的新生儿，如果没有及时发现和治疗，就很容易发展为呆小症。新生儿碘缺乏：新生儿出生后碘摄入不足，也会影响甲状腺激素的合成，导致甲状腺激素分泌不足，影响其生长发育，增加患呆小症的风险。