肛门里边隐隐作痛指的是肛门及直肠周围存在以隐痛为主的这样一种症状。由于肛门处的神经丰富，感觉灵敏，在受到刺激时容易引发疼痛。有多种肛肠科疾病都可能致使肛门隐痛，像肛窦炎、肛乳头炎、内痔、寄生虫病、直肠肿瘤等疾病。具体是何种疾病，需及时前往医院肛肠科进行相关检查来明确。
一、肛窦炎：这是一种炎症性疾病，主要因细菌感染而致，其病因和肛窦的解剖学结构有关，当粪便等异物积聚在肛窦内，使得腺体分泌不畅，进而诱发炎症。临床慢性肛窦炎多数表现为肛内隐痛，并伴有下坠感、瘙痒感，在排便时会加重。
二、肛乳头炎：是由于在排便时遭受创伤或者肛窦炎症，从而引起肛乳头急性炎症，局部的炎症刺激导致肛乳头肥大。经过多次排便促使肛乳头逐渐伸长，形成带蒂肿物，类似直肠息肉。主要呈现出肛门异物感、肛门隐痛以及瘙痒。
三、内痔：长期便秘会致使肛门里静脉血液不能正常回流，从而出现迂曲的静脉包块。主要有隐痛、肛门内不适感、瘙痒等表现。多是由不良饮食习惯、生活习惯导致症状加重。尤其在排便时，会出现较为剧烈的疼痛感。
四、寄生虫病：还有可能是寄生虫病（如蛲虫病）引发肛门隐痛，同时伴有瘙痒。或者是直肠内存在脓肿，在脓肿刺激下也可能引起肛门内隐痛。应立刻到医院确诊并治疗。
五、直肠肿瘤：有时也会引发肛门内隐隐作痛，如果同时伴有大便性状改变、便血等情况时，应及时进行直肠指检和肠镜检查，以明确诊断。
总之，当出现肛门里边隐隐作痛时，要及时就医，通过相关检查确定具体病因，并采取针对性的治疗措施。