肛门直肠痛，隐隐作痛可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因和相关健康问题：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，可引起肛门疼痛，通常在排便时加重。
2.痔疮：内痔或混合痔脱出、嵌顿，可引起肛门疼痛。
3.肛周脓肿：直肠肛管周围间隙发生急性化脓性感染，可引起肛门直肠周围疼痛，伴有发热、乏力等全身症状。
4.肛管直肠炎：炎症刺激可引起肛门直肠疼痛，伴有肛门下坠感、腹泻、黏液脓血便等症状。
5.肛窦炎：肛窦内细菌感染引起肛窦炎，可导致肛门直肠部疼痛，伴有肛门下坠感。
6.直肠癌：肛管或直肠的恶性肿瘤，可引起肛门直肠疼痛，伴有大便习惯改变、便血、消瘦等症状。
此外，肛门直肠痛，隐隐作痛还可能与肛门外伤、肛门周围皮肤病、肠道寄生虫病等有关。
如果出现肛门直肠痛，隐隐作痛的症状，建议及时就医，进行详细的检查，如肛门指诊、肛门镜检查、结肠镜检查等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，应注意保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，养成良好的排便习惯。