头孢克肟和头孢丙烯都是头孢类抗生素，但它们有一些区别。一般来说，头孢克肟对部分革兰阴性菌的抗菌活性相对较强，而头孢丙烯对部分革兰阳性菌的作用可能更突出。
抗菌谱方面
头孢克肟： 对链球菌属（肠球菌除外）、肺炎球菌、淋球菌、卡他布兰汉球菌、大肠杆菌、克雷伯杆菌属、沙雷菌属、变形杆菌属及流感杆菌等有较好的抗菌作用。比如在治疗一些由敏感菌引起的呼吸道感染，像肺炎、支气管炎等，头孢克肟可能有较好的效果。头孢丙烯： 对金黄色葡萄球菌（包括产β-内酰胺酶菌株）、肺炎链球菌、化脓性链球菌等革兰阳性菌，以及流感嗜血杆菌（包括产β-内酰胺酶菌株）、卡他莫拉菌（包括产β-内酰胺酶菌株）等革兰阴性菌有抗菌活性。例如在治疗一些皮肤软组织感染时，可能会用到头孢丙烯。
药代动力学方面
头孢克肟： 口服后约40% - 50%吸收。食物对其吸收影响不大，空腹口服吸收良好。血浆蛋白结合率约65%，半衰期约3 - 4小时。头孢丙烯： 口服吸收良好，约90%的头孢丙烯在口服后2小时内达血药峰浓度。空腹口服头孢丙烯250mg、500mg和1g后，平均血药峰浓度分别为6.1、10.5和20.3mg/L，半衰期约1.3 - 1.8小时。
不良反应方面
头孢克肟： 可能出现的不良反应有腹泻、皮疹、药物热等，少数人可能出现血清氨基转移酶升高、嗜酸性粒细胞增多等。比如有患者服用后可能会出现轻度的腹泻症状，但一般比较轻微。头孢丙烯： 常见的不良反应是胃肠道反应，如腹泻、恶心、呕吐等，也有患者可能出现皮疹、荨麻疹等过敏反应，不过总体来说耐受性较好。像有些患者服用后可能会有短暂的恶心感觉，但大多不影响继续用药。