骨髓炎主要是由细菌感染引起的，常见的致病菌有金黄色葡萄球菌等，约50%的急性骨髓炎是由金黄色葡萄球菌导致的。
创伤相关感染引起
伤口污染： 当皮肤受到开放性创伤，如骨折后伤口被泥土、灰尘等污染，细菌就有机会侵入骨骼。比如车祸导致的开放性骨折，伤口沾染外界病菌，就容易引发骨髓炎。创伤处理不当： 外伤后如果没有进行彻底的清创，残留的细菌会在局部繁殖，进而感染骨髓。像一些小的擦伤没有正确消毒处理，后续也可能引发骨髓炎。
血源性感染引发
身体其他部位感染灶： 当人体其他部位有感染，比如疖、痈等皮肤感染，细菌可通过血液循环到达骨骼。例如，皮肤疖肿中的细菌进入血液，随着血流跑到骨骼部位，就可能在那里定植引发骨髓炎。儿童由于骨骺板的存在，血源性骨髓炎相对更常见，因为细菌容易在干骺端停留繁殖。免疫力低下时： 当人体免疫力下降，如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂，身体抵御细菌的能力减弱，血源性感染导致骨髓炎的风险会增加。
邻近感染蔓延所致
周围软组织感染波及： 邻近骨骼的软组织发生感染，如脓性指头炎、肛周脓肿等，感染可直接蔓延至骨骼。比如手部脓性指头炎没有得到及时控制，感染可能向周围的指骨蔓延，引发骨髓炎。关节感染累及： 关节炎如果没有得到有效治疗，炎症可能会波及周围的骨骼，进而引发骨髓炎。例如化脓性关节炎治疗不及时，炎症扩散到邻近的骨骼，导致骨髓受到感染。