肺炎衣原体、支原体感染后，常见症状有咳嗽，一般是干咳为主，可持续1 - 3周左右。还可能出现发热，体温可高达38℃左右，有的患者会持续发热数天。另外，部分患者会有咽痛、头痛、乏力等表现。
呼吸道症状表现
咳嗽特点： 肺炎衣原体、支原体感染引发的咳嗽多为刺激性干咳，有时候咳嗽比较剧烈，影响日常生活和休息。比如有些孩子感染后，晚上睡觉的时候咳嗽会加重，严重的可能会影响睡眠。咳痰情况： 一般咳痰量比较少，有时候可能仅有少量白色黏痰。但也有少数患者可能会出现痰中带少量血丝的情况，但这种情况相对比较少见。
全身症状表现
发热特征： 发热的程度个体差异比较大，多数患者是中等度发热，体温在37.8℃ - 38.9℃之间，但也有部分患者会出现高热，体温超过39℃。发热持续时间也不一样，有的患者发热3 - 5天就会消退，但也有部分患者发热会持续1 - 2周。其他全身表现： 除了发热，还可能有头痛，疼痛程度轻重不一，有的患者是轻微头痛，有的患者头痛相对比较明显。乏力也是比较常见的，患者会感觉浑身没劲儿，活动耐力下降，比如平时能爬几层楼梯，感染后可能爬一层就感觉很累。
其他可能出现的症状
咽喉部症状： 部分患者会有咽痛，吞咽时咽痛可能会加重。还有些患者会感觉咽喉部有异物感，或者瘙痒感。耳部症状： 少数患者可能会出现耳部不适，比如耳痛，这是因为支原体感染可能会波及到耳部，引起中耳炎症等情况。不过这种耳部症状相对来说不是特别常见，但一旦出现也需要引起重视。