肛门肿痛可能由多种原因引起。比如，血栓性外痔是较常见的导致肛门肿痛的原因，这种情况通常是肛门周围的静脉丛破裂出血，形成血栓，一般在1-2天内肿痛会比较明显。
一、痔疮引发的肛门肿痛
内痔脱出嵌顿： 当内痔发展到一定程度，脱出肛门外不能回纳时，就会引起肛门肿痛，这种情况多见于中老年人，长期便秘、久坐等因素容易诱发。外痔炎症： 结缔组织外痔一般不会有明显疼痛，但如果发生炎症，就会出现肛门肿痛，患者能感觉到肛门有肿物，触摸时疼痛加剧。
二、肛周感染导致的肛门肿痛
肛周脓肿： 这是一种急性化脓性感染疾病，多由肛腺感染引起，患者肛门周围会出现红肿热痛，而且肿痛会逐渐加重，有的患者体温还会升高，一般在发病后1-3天肿痛最为明显。肛窦炎： 肛窦炎是肛窦、肛门瓣发生的急慢性炎症，也会引起肛门肿痛，尤其是在排便时，疼痛会加重，还可能伴有肛门坠胀感。
三、肛裂造成的肛门肿痛
新鲜肛裂： 多是由于大便干结，排便时撑裂肛管皮肤引起，疼痛比较明显，呈周期性，排便时疼痛，便后有短暂缓解，之后又会出现剧烈疼痛，同时伴有便血，血量一般较少。陈旧性肛裂： 由新鲜肛裂反复发作转变而来，除了肛门肿痛外，还会有肛门括约肌痉挛的情况，肛门肿痛会持续较长时间，影响患者的正常生活。
四、肠道炎症相关的肛门肿痛
溃疡性结肠炎： 这是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，部分患者会出现肛门肿痛的症状，同时还伴有腹泻、黏液脓血便等表现，病情容易反复发作，病程较长，有的患者病程可长达数年甚至十几年。克罗恩病： 也是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，病变可累及肠道各部位，当累及肛门周围时，会引起肛门肿痛，还可能出现肛周瘘管、脓肿等并发症。