肛门内有硬包且很痛，可能由痔疮、肛周脓肿、直肠癌等导致，具体如下：
一、痔疮：当存在便秘或大便干燥并用力排便时，会引发腹腔内压力升高，致使肛周静脉破裂。肛周静脉破裂后流出的血液会在肛门周围皮下形成质地较硬的圆形或椭圆形肿块，常伴有疼痛，即呈现肛门内有硬包且痛的情况。若症状较轻，可采取保守的药物治疗，如使用痔疮膏、复方角菜酸酯乳膏、红霉素软膏外涂等。平时应保持良好的排便习惯，进食易消化食物，避免便秘发生。若患者症状严重或出现其他伴随症状如疼痛、坠胀、脱出等，可通过手术去除痔疮，如常规的外剥内扎以及吻合器PPH治疗等。术后要加强会阴部清洁卫生，便后定期换药以促进切口愈合，从而消除痔疮达到治愈目的。
二、肛周脓肿：这是一种发生于肛门、肛管和直肠周围的急性化脓感染性疾病。发病初期，肛周局部隆起，边界清楚，可表现为硬块，同时常伴有红肿、疼痛等典型表现，按压时剧痛，即表现为肛门内有硬包且痛。对于肛周脓肿的治疗，依据脓肿不同分期而有所不同。在早期脓肿未完全化脓时，可口服或静脉使用消炎药，如阿莫西林胶囊、头孢克洛片、头孢克肟分散片等，同时配合红霉素软膏涂抹。若脓肿已化脓且有波动感，则需要手术治疗，主要是手术切开引流。
三、直肠癌：这是原发于直肠黏膜上皮的一种恶性肿瘤，进行直肠指诊检查时可发现肛门内有硬包，会有疼痛感觉，还会表现出便意频繁、里急后重、排便习惯改变等症状。手术切除仍是直肠癌的主要治疗方法，如腹会阴联合直肠癌根治术以及经腹直肠癌切除术等，术后根据病理情况，还可采用放射、化疗、基因治疗、靶向治疗、免疫治疗等。
总之，当发现肛门内有硬包且痛时，应及时就医，明确具体病因，并根据病因采取相应的治疗措施。