深呼吸时肺疼的主要原因有以下几点：
1.胸部损伤：
胸部受到直接或间接的外力撞击，如车祸、跌倒等，可能导致胸部组织损伤，引起深呼吸时肺疼。
剧烈的咳嗽或深呼吸可能导致胸部肌肉拉伤或肋间神经痛，从而引起疼痛。
2.肺部疾病：
肺炎、肺结核、肺栓塞等肺部感染或血管疾病可能导致肺部炎症或血管堵塞，引起深呼吸时肺疼。
肺部肿瘤、肺纤维化等疾病也可能引起肺部结构改变，导致疼痛。
3.胸膜炎：
胸膜炎是指胸膜的炎症，可能由感染、自身免疫性疾病等引起。胸膜炎可导致胸膜粘连，在深呼吸时引起疼痛。
胸腔积液也可能导致深呼吸时肺疼。
4.心脏疾病：
某些心脏疾病，如心绞痛、心肌梗死等，可能引起放射性疼痛，导致深呼吸时肺疼。
心脏瓣膜疾病、心律失常等也可能导致胸部不适。
5.其他原因：
肋骨骨折、肋软骨炎等胸廓疾病也可能引起深呼吸时肺疼。
神经痛、肌肉痛等也可能导致类似症状。
需要注意的是，深呼吸时肺疼可能是一种严重疾病的症状，也可能是一些较轻疾病的表现。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如呼吸困难、咳嗽、发热、咯血等，应及时就医，进行详细的检查，如胸部X光、CT、心电图等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。
在就医前，应尽量避免剧烈运动，保持休息，避免吸烟等刺激物。同时，应详细告知医生疼痛的特点、持续时间、加重或缓解因素等，以便医生做出准确的诊断和治疗建议。对于孕妇、老年人、有慢性疾病的患者等特殊人群，应更加重视深呼吸时肺疼的症状，及时就医。