长时间不吃早饭对身体危害较多。有研究表明，长期不吃早饭可能使胆结石风险增加约1.3倍。
对消化系统的影响
胃肠功能紊乱： 经过一夜的消化，胃内基本排空，若不吃早饭，胃酸会持续刺激胃黏膜，长此以往容易引发胃炎、胃溃疡等疾病。比如长期不吃早饭的人，约有30%会出现不同程度的胃部不适。胆汁淤积： 胆汁在胆囊中储存一晚上，若不吃早饭，胆汁无法及时排出，胆汁中的胆固醇等成分就容易沉积，增加胆结石的发生几率。
对代谢功能的影响
血糖波动大： 不吃早饭会导致上午血糖偏低，人体为了维持正常生理功能，会调动储存的能量，可能引起血糖的大幅波动。长期如此，会影响胰岛素的正常分泌，增加患糖尿病的风险。一般来说，长期不吃早饭的人群，患2型糖尿病的风险比按时吃早饭的人高约20%。脂肪代谢异常： 不吃早饭会使身体处于“饥饿状态”，机体为了保存能量，会降低代谢率，当再次进食时，身体更容易将摄入的能量转化为脂肪储存起来，导致肥胖。
对大脑功能的影响
注意力不集中： 大脑所需的能量主要来自葡萄糖，不吃早饭会使大脑葡萄糖供应不足，导致注意力难以集中、记忆力下降等问题。有调查显示，长期不吃早饭的学生，课堂上注意力不集中的比例比按时吃早饭的学生高40%。情绪易波动： 血糖的不稳定还会影响神经递质的分泌，从而导致情绪波动，如出现烦躁、焦虑等不良情绪。