脊髓空洞症的治疗方法需根据具体病情来定，一般可通过手术治疗和药物辅助治疗等方式。手术方面，约60% - 70%的患者可通过手术改善症状，如后颅窝减压术，适用于有小脑扁桃体下疝畸形的患者；空洞分流术也是常用手术方式，能将空洞内的液体引流到其他腔隙。
手术治疗为主
后颅窝减压术： 当患者存在小脑扁桃体下疝畸形引发脊髓空洞时，通过切除部分枕骨大孔及颈椎椎板，解除对小脑、脑干等结构的压迫，从而缓解脊髓空洞相关症状，约有一定比例的患者经此手术能使病情得到改善。空洞分流术： 该手术是将脊髓空洞与蛛网膜下腔或腹腔等部位进行分流，让空洞内的液体引流到其他腔隙，降低空洞内的压力，防止脊髓进一步受损，对部分患者有效。
药物辅助治疗
神经营养药物： 像维生素B12等神经营养药物可能会起到一定辅助作用，有助于神经的修复，但单独依靠药物很难从根本上解决脊髓空洞问题。不过可以在一定程度上改善神经功能状态。对症治疗药物： 如果患者伴有疼痛等症状，可能会使用一些止痛药物来缓解疼痛，但这只是针对症状的缓解，不能从病因上治疗脊髓空洞。
康复治疗配合
康复训练： 患者在病情稳定后可进行康复训练，比如进行肢体的运动功能训练，包括关节活动度训练、肌力训练等，一般需要长期坚持训练，以促进肢体功能的恢复，提高生活自理能力。通常每周需要进行数次康复训练，每次训练时间根据患者情况而定。物理治疗： 可以采用理疗等物理治疗方法，如热敷、按摩等，有助于改善局部血液循环，对缓解症状有一定帮助。不过物理治疗需要在专业人员指导下进行，避免不当操作加重病情。