肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿引起的，约90%的肛瘘是因直肠肛管周围脓肿自行破溃或切开引流后处理不当发展而来。
感染因素导致
肛周脓肿演变： 肛管直肠周围发生感染形成脓肿，脓肿自行破溃或经切开引流后，脓腔壁会逐渐形成纤维化的管壁，进而形成肛瘘。比如，当肛腺受到细菌感染时，炎症会向周围蔓延，形成脓肿，若没有得到妥善治疗，就容易发展为肛瘘。特殊感染： 像结核杆菌、放线菌等感染，虽然相对少见，但也可能引发肛瘘。结核杆菌感染往往病程比较缓慢，症状相对不典型，容易被忽视，从而导致肛瘘的形成。
直肠肛门损伤引发
外伤： 肛门直肠部位受到外伤，比如异物损伤、肛门指检时造成的损伤等，如果处理不及时，细菌入侵感染，就可能引发肛瘘。例如，不慎将尖锐异物插入肛门，损伤了直肠肛管组织，就为细菌感染创造了条件。医源性损伤： 在进行肛管直肠手术时，如内痔手术、直肠息肉切除术等，如果操作不当，也可能导致肛瘘。比如手术中切断了肛管直肠周围的组织，使得细菌容易侵入，进而引发感染形成肛瘘。
其他因素影响
克罗恩病： 这是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道各部位，当累及肛管直肠时，容易并发肛瘘。克罗恩病导致的肛瘘往往病情比较复杂，治疗难度相对较大。溃疡性结肠炎： 长期患有溃疡性结肠炎的患者，肠道炎症可能蔓延至肛管直肠周围，引发感染形成肛瘘。这种情况下的肛瘘治疗需要兼顾结肠炎本身的治疗以及肛瘘的处理。会阴部手术： 女性生产时会阴侧切等手术，或者男性前列腺、尿道等部位的手术，如果术后护理不当，也有引发肛瘘的可能。比如会阴侧切术后，若伤口受到细菌污染，就可能导致肛周感染进而形成肛瘘。