附件巧克力囊肿通常不存在绝对最好的治疗方法，一般可采取药物治疗、手术治疗等，效果往往较好。
一、药物治疗：巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种病变类型。如果是发生于附件且症状相对较轻，通常可进行药物治疗。比如按医嘱使用注射用醋酸曲普瑞林，其可抑制垂体分泌促性腺激素，导致卵巢分泌的雌激素水平下降，从而使异位的子宫内膜萎缩；屈螺酮炔雌醇片，能通过抑制排卵，减少雌激素生成，进而对巧克力囊肿起到一定抑制作用；甲羟孕酮片，可使子宫内膜由增生期转变为分泌期，有助于控制病情发展。
二、手术治疗：但要是附件巧克力囊肿的体积较大，已经致使输卵管、卵巢等受到损害，对生命健康构成威胁时，通常就需要进行手术治疗。例如附件切除术，可直接切除病变的附件组织；子宫切除术，当病情严重且无生育需求等情况下可采用。
总之，对于附件巧克力囊肿的治疗，需根据具体病情选择合适的方法，以达到较好的治疗效果。