肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中最常见的致病菌是大肠埃希菌，约占尿路感染病原菌的80%~90%。
感染途径一：上行感染
分点1：膀胱到肾盂的蔓延：当尿道周围的细菌进入尿道，比如女性尿道短，更容易让细菌上行。细菌先到达膀胱，引发膀胱炎，如果这时没有及时治疗控制，细菌就有可能沿着输尿管向上蔓延到肾盂，从而引起肾盂肾炎。分点2：尿道操作引发感染：像导尿、膀胱镜检查等尿道操作，如果操作不规范或者没有做好消毒，就为细菌进入泌尿系统打开了方便之门，增加了肾盂肾炎的发病风险。
感染途径二：血行感染
分点1：远处感染灶播散：身体其他部位有感染病灶，比如皮肤感染、扁桃体炎等，细菌可通过血液循环到达肾脏引起肾盂肾炎。例如，皮肤疖肿中的细菌，可能随着血液流经肾脏，在肾脏定植引发感染。分点2：常见引发血行感染的情况：当人体免疫力较低时，血行感染的可能性会增加。比如患有糖尿病、艾滋病等基础疾病的人群，自身免疫力受到影响，更容易出现血行感染导致肾盂肾炎。
易感因素影响
分点1：女性生理结构因素：女性尿道短、宽且直，距离肛门近，这使得细菌更容易侵入尿道并上行感染。据统计，育龄女性肾盂肾炎的发病率明显高于男性，大约是男性的10倍左右。分点2：泌尿系统结构或功能异常：如果存在尿路结石、输尿管畸形、前列腺增生等情况，会导致尿液引流不畅，细菌容易在局部滋生繁殖，从而引发肾盂肾炎。比如尿路结石会阻碍尿液的正常排出，使尿液在肾脏内停留时间延长，为细菌生长提供了有利条件。分点3：机体免疫力低下：长期使用免疫抑制剂、患有慢性疾病（如慢性肾炎、糖尿病等）的人，机体免疫力降低，对细菌的抵抗力减弱，容易发生肾盂肾炎。例如，糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体的免疫功能受到影响，容易遭受细菌感染，包括肾盂肾炎。