肾输尿管结石的主要症状包括疼痛、血尿等。其中，肾输尿管结石引发的疼痛较为典型，约有半数以上的患者会出现腰部或腹部疼痛。当结石较大在肾盂或肾盏内压迫、摩擦或引起积水时，多为患侧腰部或上腹部钝痛，常在活动后加重；而当结石较小在肾盂或输尿管内移动和刺激，引起平滑肌痉挛时，会出现绞痛，这种绞痛常突然发生，疼痛剧烈如刀割样，可放射至下腹部、腹股沟、大腿内侧等部位，持续时间几分钟到数小时不等。
血尿表现
血尿也是肾输尿管结石常见的症状之一。血尿分为肉眼血尿和镜下血尿，肉眼血尿就是能看到尿液呈红色，镜下血尿则是需要通过显微镜检查尿液才能发现红细胞。通常在疼痛发作后会出现血尿，这是因为结石移动时损伤了肾盂、输尿管黏膜导致出血。一般来说，镜下血尿更为常见，大约有80%的患者会出现血尿情况，但肉眼血尿时尿液颜色会明显发红，像洗肉水样等。
其他伴随症状
- 尿路刺激症状：当结石合并感染时，患者会出现尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状。这是因为细菌在有结石的尿路环境中容易滋生繁殖，刺激尿路黏膜引起炎症反应。例如，结石导致输尿管与膀胱连接处梗阻，尿液引流不畅，就容易并发尿路感染，从而出现尿频、尿急、尿痛等表现。
- 恶心呕吐：肾输尿管结石引起的疼痛可能会刺激胃肠道，导致恶心、呕吐症状。尤其是当输尿管结石引起剧烈绞痛时，疼痛刺激内脏神经，反射性地引起胃肠道反应，患者会感觉恶心，甚至频繁呕吐，呕吐物多为胃内容物。这种恶心呕吐症状有时会被误认为是胃肠道疾病，需要注意鉴别。
- 排尿异常：如果结石位于输尿管膀胱壁段，还可能引起尿频、尿急等膀胱刺激症状，以及排尿困难等情况。当结石堵塞尿道内口时，会影响尿液排出，导致排尿不畅，严重时可能出现尿潴留。