特发性血小板减少的病因目前尚未完全明确，可能与自身免疫、感染等因素有关。其中自身免疫因素较为关键，人体免疫系统错误地攻击自身的血小板，导致血小板破坏过多；感染方面，病毒感染可能是诱因之一，比如风疹病毒、EB病毒等感染后，可能引发机体的免疫反应异常，进而影响血小板的数量。
自身免疫因素：
自身抗体产生：人体的免疫系统会产生针对血小板的自身抗体，这些抗体与血小板结合后，会被单核巨噬细胞系统识别并破坏。例如，在某些自身免疫性疾病的基础上，更容易出现这种针对血小板的自身免疫反应。免疫调节异常：机体的免疫调节机制出现紊乱，导致T淋巴细胞等免疫细胞功能异常，不能正常调控对血小板的免疫反应，使得血小板持续受到攻击而数量减少。
感染因素：
病毒感染关联：多种病毒感染可能引发特发性血小板减少。比如儿童患风疹后，约10% - 20%的患儿会出现血小板减少的情况；EB病毒感染后，也有部分患者会发生特发性血小板减少。病毒感染后，可能通过改变血小板的抗原性等方式，触发机体的免疫攻击反应。细菌感染影响：某些细菌感染也可能与特发性血小板减少相关。虽然相对病毒感染来说关联程度可能稍低，但当发生细菌感染时，也可能影响机体的免疫状态，间接导致血小板减少的发生。
遗传因素：
家族遗传倾向：有研究发现，特发性血小板减少可能存在一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有特发性血小板减少，那么其他家庭成员患该病的风险可能会相对增加。不过，遗传因素并不是唯一的致病因素，只是起到一定的 predisposing（易患性）作用，还需要结合其他环境等因素才会发病。基因相关机制：目前虽然还没有完全明确具体的相关基因，但研究提示可能与某些基因的突变或表达异常有关，这些基因可能影响免疫系统的功能等，从而增加患特发性血小板减少的可能性。