药流后孕囊排不出来需要采取相应措施。一是可在医生指导下进行二次药流或服用促子宫收缩的药物，如果三天还未排出孕囊，则应进行清宫手术。
药流时，孕囊通常能在八个小时之内排出，要是超过八个小时仍未排出，应在医生指导下再次服用药物以进行二次药流，或者服用促子宫收缩药物来助力孕囊排出。
若孕囊残留在子宫内，会出现坏死，进而引发腐败感染的状况，导致子宫内膜受到感染，引发子宫内膜炎，还有可能形成稽留流产，进而造成大出血。所以，若三天后孕囊仍未排出，就应尽快进行清宫手术。
总结：药流后孕囊排出情况不同有不同处理方式，未排出需重视，否则可能引发多种不良后果，应根据具体情况及时采取合适措施。