毛囊炎的治疗药物有多种，一般局部外用药物较为常用，比如莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有很好的抗菌作用，能帮助减轻毛囊炎部位的炎症、杀菌，通常每天涂抹2 - 3次。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏：主要针对革兰阳性球菌引起的毛囊炎，可抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌功效，适用于症状较轻的毛囊炎患者。夫西地酸乳膏：对引起毛囊炎的金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性，能干扰细菌蛋白质的合成来达到杀菌目的，局部涂抹在患处即可。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏：如果是由真菌感染引起的毛囊炎，酮康唑乳膏就比较适用，它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌代谢，从而发挥抗真菌作用。一般每天涂抹1 - 2次。益康唑乳膏：对皮肤癣菌、酵母菌等有抗菌作用，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥抗真菌功效，可用于治疗真菌性毛囊炎。
中药类外用药
如意金黄散：具有清热解毒、消肿止痛的作用，将其用醋或酒调敷在毛囊炎患处，能减轻红肿热痛等症状。不过使用前需要将药物调和均匀，注意避开皮肤破损处。龙珠软膏：有清热解毒、消肿止痛、去腐生肌的功效，对于毛囊炎出现红肿、疼痛、有脓头的情况有一定的治疗作用，外用时直接涂抹在患处。另外，对于症状较严重、反复发作的毛囊炎患者，可能还需要结合口服药物治疗，比如病情严重的细菌性毛囊炎可能会用到口服的头孢类抗生素等，但具体用药需医生根据患者实际情况来判定，患者不要自行盲目用药，特别是儿童、孕妇等特殊人群，用药更要谨慎，需在医生指导下进行。