早上起来眼睛疼的原因包括熬夜、眼部疲劳、结膜炎等，需针对性治疗。具体如下：
一、熬夜：长时间熬夜会使眼部充血、水肿，患者可能出现眼部肿胀、疼痛等不良反应。改善方法是多休息，养成良好的作息规律。因为熬夜打乱了人体正常的生物钟，导致眼部血液循环不畅和代谢产物堆积，从而引起这些不适症状。
二、眼部疲劳：长时间观看电子产品可导致眼部疲劳，出现酸涩症状，进而早上易有眼睛疼痛。可通过按摩和热敷来缓解，按摩能促进眼部血液循环和肌肉放松，热敷则可改善局部新陈代谢。
三、结膜炎：多由细菌性感染引起，会使结膜发炎，出现充血、疼痛等表现。可在医生指导下使用盐酸左氧氟沙星滴眼液、加替沙星滴眼液等药物治疗。这类药物能有效杀灭细菌，减轻炎症反应。
此外，青光眼也可能导致早上起来眼睛疼，需配合医生积极治疗。总之，当早上起来眼睛疼时，要及时查找原因并采取合适的治疗措施。