早上起来眼疼的原因可能包括用眼过度、患有结膜炎以及患有青光眼等。
一、用眼过度：如果长时间近距离用眼，比如长时间看书、看电脑等，或者睡前长时间看电子产品，以及长期熬夜导致睡眠不足，这些情况都会让眼睛过度疲劳。而经过一夜睡眠后，眼睛如果没能得到充分的休息，就可能出现早上起来眼疼的状况。
二、结膜炎：
1.当邻近组织炎症蔓延到结膜，或者眼部受到过敏性物质、化学原料、风沙等异物的刺激，又或者受到细菌、病毒、衣原体等病原微生物的感染，都有可能引发结膜炎。
2.结膜炎会导致眼部有发痒、沙粒感、异物感等症状，同时也可能伴有早上起来眼疼的表现。
三、青光眼：
1.受到遗传因素影响，或者眼部因为炎症、挫伤等原因，致使病理性眼压增高，从而引起视神经损害，形成青光眼。
2.青光眼患者会有视力下降、头痛、早上起来眼疼、眼睛发红等现象。
总之，早上起来眼疼可能是由多种原因引起的，需要根据具体情况进行分析和诊断，以便采取合适的治疗措施。