造成胎儿畸形的五大原因主要包括以下方面：首先，遗传因素是重要原因之一。如果父母双方或一方携带异常的基因，就有可能传递给胎儿，导致胎儿出现畸形，比如某些单基因遗传病就会以一定的遗传方式影响胎儿发育。
一、环境因素影响
化学物质暴露： 孕妇长时间接触一些化学物质，像苯、甲醛等。比如在装修污染严重的环境中生活超过3个月，胎儿畸形的风险会明显增加。还有一些农药残留，如果孕妇接触到高浓度的有机磷农药等，也可能干扰胎儿正常发育。辐射照射： 孕期受到过量的辐射，例如在放射科工作却没有做好防护，或者接受了超过安全剂量的医疗辐射检查，像腹部受到X射线照射超过一定剂量时，就可能破坏胎儿的细胞结构，引发畸形。
二、药物因素作用
某些致畸药物： 一些孕妇在不知情的情况下服用了致畸药物，比如怀孕期间服用了异维A酸，这种药物常用于治疗严重痤疮，但它会导致胎儿出现多种畸形，包括面部畸形、心脏畸形等。还有抗肿瘤的某些化疗药物，在孕期使用也会极大增加胎儿畸形的几率。
三、病毒感染影响
风疹病毒感染： 孕妇在怀孕早期如果感染了风疹病毒，大约有10% - 20%的胎儿会出现先天性风疹综合征，表现为白内障、心脏病、耳聋等多种畸形。巨细胞病毒感染： 孕妇感染巨细胞病毒后，胎儿感染的几率约为30%，可能会出现小头畸形、智力低下、听力障碍等问题。
四、母体疾病干扰
糖尿病未控制好： 患有糖尿病的孕妇，如果血糖长期处于较高水平且没有得到良好控制，怀孕前3个月内高血糖会影响胎儿的器官发育，容易导致胎儿出现心血管畸形、神经管畸形等，据统计，这类孕妇胎儿畸形发生率比正常孕妇高2 - 3倍。甲状腺功能异常： 孕妇甲状腺功能减退或者亢进没有得到纠正时，甲状腺激素分泌异常会影响胎儿的神经系统和骨骼系统发育，可能造成胎儿智力低下、生长发育迟缓等畸形相关问题。