治结膜炎较好的眼药水有几种，比如抗生素类眼药水、抗病毒类眼药水、抗过敏类眼药水等。
抗生素类眼药水：
左氧氟沙星滴眼液： 主要用于细菌感染引起的结膜炎，能抑制细菌DNA旋转酶，阻止细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。一般适用于由肺炎链球菌、葡萄球菌等引起的细菌性结膜炎。妥布霉素滴眼液： 对葡萄球菌属及链球菌属等革兰阳性菌，以及流感嗜血杆菌、大肠杆菌等革兰阴性菌有抗菌作用，可用于治疗敏感细菌引起的外眼及附属器的局部感染。
抗病毒类眼药水：
阿昔洛韦滴眼液： 适用于单纯疱疹病毒性角膜炎。它能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制。更昔洛韦滴眼液： 可用于治疗单纯疱疹病毒性角膜炎，通过竞争性抑制病毒DNA多聚酶，并掺入病毒及宿主细胞的DNA中，从而抑制DNA合成。
抗过敏类眼药水：
色甘酸钠滴眼液： 用于预防春季过敏性结膜炎。其作用机制是稳定肥大细胞细胞膜，阻止肥大细胞释放过敏介质，如组胺、5-羟色胺等。富马酸依美斯汀滴眼液： 可用于暂时缓解过敏性结膜炎的体征和症状，能选择性地结合并稳定肥大细胞，抑制其释放组胺、白三烯等致敏介质。