急性胃肠炎通常可以使用调节肠道菌群、缓解腹泻和止痛的药物来促进恢复，一般及时用药后1-3天左右症状会有所改善。
调节肠道菌群类药物
益生菌制剂： 比如双歧杆菌四联活菌片，它可以调节肠道内的菌群平衡，抑制有害菌的生长，有助于改善急性胃肠炎引起的肠道功能紊乱。一般适用于各年龄段人群，但婴幼儿使用时需注意遵循医生指导。枯草杆菌二联活菌颗粒也是常用的益生菌，能补充肠道有益菌，维持肠道正常的生理功能，对急性胃肠炎导致的肠道菌群失调有较好的调节作用。
缓解腹泻类药物
蒙脱石散： 它可以在肠道表面形成一层保护膜，吸附肠道内的病毒、细菌及其产生的毒素等，从而达到止泻的效果。成人和儿童都可以使用，成人一般一次1袋（3克），一日3次；儿童1岁以下每日1袋，分3次服；1-2岁每日1-2袋，分3次服；2岁以上每日2-3袋，分3次服。药用炭片也有一定止泻作用，能吸附肠道内的气体和毒素等，但不宜长期大量服用，以免影响其他营养物质的吸收。
止痛类药物
颠茄片： 对于急性胃肠炎引起的胃肠痉挛性疼痛有缓解作用。它能解除胃肠道平滑肌痉挛，减轻疼痛。不过，前列腺肥大、青光眼患者以及哺乳期妇女等应慎用。山莨菪碱片也可用于缓解胃肠痉挛导致的疼痛，它能改善胃肠道平滑肌痉挛状态，但有青光眼、前列腺肥大患者禁用。
抗感染类药物
如果是细菌感染引起的急性胃肠炎，可能需要使用抗感染药物。比如诺氟沙星胶囊，它属于喹诺酮类抗生素，对肠道常见的致病菌有较好的抗菌作用，但18岁以下未成年人、孕妇、哺乳期妇女禁用，因为可能会影响骨骼发育等。而对于病毒感染引起的急性胃肠炎，一般不需要使用抗感染药物，主要以对症治疗为主。