上呼吸道感染大多由病毒引起，一般70%~80%由病毒导致，如鼻病毒、冠状病毒等。对于上呼吸道感染，可根据不同情况选择相应药物，比如对症治疗的药物等。
对症治疗药物选择
解热镇痛药：如果有发热、头痛、肌肉酸痛等症状，常用对乙酰氨基酚，它能通过抑制前列腺素合成发挥解热镇痛作用，成人及12岁以上儿童可以使用，但要注意不能超量服用。还有布洛芬，也有解热镇痛效果，6个月以上儿童也能使用，不过有消化道溃疡等病史的人要谨慎。减轻鼻充血药：当有鼻塞症状时，可使用伪麻黄碱等药物，能收缩鼻黏膜血管，减轻鼻塞，但有高血压、甲亢等疾病的人要慎用。
抗病毒药物使用情况
普通病毒感染：一般上呼吸道感染多数是普通病毒感染，通常不需要使用抗病毒药物，因为目前没有特效抗病毒药，主要靠自身免疫力恢复，病程大概7~10天。特殊病毒感染：如果是流感病毒引起的上呼吸道感染，在发病48小时内可考虑使用奥司他韦等抗病毒药物，能减轻症状、缩短病程，但要在医生评估后使用，儿童使用时剂量要按体重计算。
抗菌药物的应用
一般不轻易用：上呼吸道感染大部分是病毒感染，不需要使用抗菌药物。只有当明确有细菌感染证据时，比如出现脓痰、白细胞升高、C - 反应蛋白升高等情况，才考虑使用抗菌药物，常用的有青霉素类（如阿莫西林）、头孢菌素类（如头孢克洛）等，但要根据病情和细菌药敏情况选用，而且要注意过敏史等情况。
中药辅助治疗
清热解毒类中药：有一些清热解毒的中成药可辅助治疗上呼吸道感染，比如银翘解毒片，有疏风解表、清热解毒作用，能缓解发热、头痛、咳嗽等症状；双黄连口服液也有清热解毒功效，可用于风热感冒引起的上呼吸道感染，但使用前要区分是风热还是风寒感冒等证型，不对证使用可能效果不佳。