新生儿黄疸高主要是因为胆红素代谢特点导致的。新生儿出生后，胆红素产生相对过多，而肝脏对胆红素的摄取、结合和排泄能力不足，约60%足月儿和80%早产儿会出现生理性黄疸，通常生后2-3天出现，4-5天达高峰。
胆红素生成过多
红细胞破坏多： 新生儿红细胞寿命相对短，一般为70-90天，比成人短很多，所以红细胞破坏快，产生胆红素多。例如，足月儿红细胞数相对较高，出生后红细胞破坏释放出大量胆红素。血红素加氧酶含量高： 新生儿体内血红素加氧酶在生后1-7天内含量高，使血红素分解为胆红素的量增加，从而导致胆红素生成增多。
肝脏处理胆红素能力不足
摄取胆红素能力差： 新生儿肝脏内Y、Z蛋白含量低，生后5-10天才达到成人水平，所以摄取胆红素的能力较弱，不能及时将胆红素摄取结合。比如，出生早期Y、Z蛋白缺乏，影响胆红素的摄取过程。结合胆红素能力不足： 肝细胞内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UDPGT）含量低且活性差，要到生后1周左右才逐渐增加，所以胆红素与葡萄糖醛酸结合形成结合胆红素的能力不足，导致未结合胆红素在体内积聚。
肠肝循环特点
肠道菌群未完全建立： 新生儿肠道内正常菌群尚未完全建立，导致肠道内的β-葡萄糖醛酸苷酶活性较高，这种酶能将结合胆红素水解成未结合胆红素，又重新被肠道吸收进入肝肠循环，使得血中的胆红素增加，加重黄疸。例如，正常菌群未形成时，这种水解作用会使胆红素的肠肝循环增加。胎粪排出延迟： 胎粪中含有较多胆红素，如果胎粪排出延迟，就会使胆红素重吸收增加。足月儿胎粪一般在生后2-3天排完，若排出延迟，就会影响胆红素的排泄，导致黄疸加重。