口腔溃疡的引发原因较多，比如约20%的人群有复发性阿弗他溃疡，其发病与多种因素相关。
一、局部创伤因素
口腔内机械刺激： 刷牙时用力过猛，或者牙齿有残根、残冠、锐利的牙尖等，都可能反复摩擦口腔黏膜，从而引发口腔溃疡。比如长期有锐利牙尖刺激的人，口腔溃疡出现的概率相对更高。咬伤口腔黏膜： 吃饭时不小心咬到口腔内壁，或者说话时咬到舌头等，伤口若没有及时愈合，就容易发展成口腔溃疡。
二、营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B₂、维生素B₁₂、叶酸等维生素时，容易出现口腔溃疡。比如长期挑食、节食的人，很可能因为维生素摄入不足而引发口腔溃疡。一般来说，这类人群通过补充相应维生素后，口腔溃疡情况会有所改善。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也可能导致口腔溃疡。例如一些素食者，由于饮食中锌的摄入相对较少，就比较容易出现口腔溃疡问题。
三、免疫系统因素
自身免疫反应异常： 当人体免疫系统出现紊乱时，比如患有白塞病等自身免疫性疾病，免疫系统会错误地攻击口腔黏膜，从而引发口腔溃疡。这类患者往往口腔溃疡反复发作，且愈合时间较长。免疫力低下： 当人体处于疲劳、生病等状态时，免疫力会下降，此时就容易受到病原体侵袭，进而引发口腔溃疡。比如感冒发烧后，很多人会出现口腔溃疡，就是因为免疫力暂时降低了。